¿Te preocupa no cumplir con obligaciones fiscales o no saber cómo registrar ventas, comisiones y devoluciones en la contabilidad de la tienda online? ¿No existe claridad sobre el tratamiento del IVA en marketplaces o al vender fuera de España? En esta guía sobre Contabilidad para tiendas online (ecommerce) se presenta un esquema operativo, paso a paso, con ejemplos de asientos, mapeo del Plan General Contable (PGC), software recomendado en España y alternativas económicas para pymes ecommerce. Incluye además una guía simple de IVA en marketplace España y pautas para qué hacer cuando vendes internacionalmente con ecommerce.
Puntos clave: lo que debes saber en 1 minuto
- Legalidad y registro: toda venta online debe constar en libros contables y facturación conforme al PGC y normativa de la Agencia Tributaria (AEAT).
- Automatizar integraciones: usar conectores entre la plataforma (Shopify, WooCommerce, Amazon) y el software contable reduce errores y facilita conciliaciones.
- IVA y marketplaces: aplicar correctamente los regímenes (IVA nacional, OSS, bienes importados) evita sanciones.
- Asientos clave: ventas, comisiones de marketplace, fees de pasarela, devoluciones y envíos deben tener asientos normalizados.
- Elección de software: elegir entre mejor software contabilidad para tiendas online España o alternativas económicas según volumen y necesidad de integraciones.
Cómo llevar contabilidad ecommerce paso a paso
La contabilidad para tiendas online (ecommerce) requiere un proceso estandarizado. El procedimiento recomendado para empresas y autónomos sigue cinco fases claras: preparación, registro diario, conciliación, cierre mensual y reporting.
Fase 1: preparación y configuración
- Registrar la actividad y epígrafe en el censo de la AEAT mediante modelo 036/037.
- Configurar el plan de cuentas: adaptar el PGC (Plan General Contable) con cuentas específicas para ventas online, comisiones marketplace, pasarelas y devoluciones.
- Establecer políticas internas: criterio de ingresos (criterio de devengo vs caja), tratamiento de transporte y gastos de devolución.
Fase 2: registros diarios básicos
- Facturas emitidas: registrar la base imponible, IVA repercutido y retenciones si aplica.
- Cobros por pasarela: identificar fees de pasarela (Stripe, PayPal) y registrar comisiones.
- Ventas en marketplace: separar ventas propias y ventas por marketplace con cleareance de comisiones y retenciones.
Fase 3: conciliaciones automáticas y manuales
- Conciliar extractos bancarios con exportes de la pasarela y plataforma de ecommerce.
- Reconciliar órdenes con facturas emitidas y pagos con estados de cuenta de marketplace.
- Detectar diferencias por devoluciones, cargos por chargeback o comisiones no contabilizadas.
Fase 4: cierre mensual y ajustes
- Ajustar ingresos por ventas pendientes, contabilizar devoluciones y provisiones por devoluciones y garantías.
- Revisar IVA repercutido y soportado para declaraciones (modelo 303) y comprobación de IVA intracomunitario / OSS.
Fase 5: reporting y KPIs
- Generar informes: margen por SKU, coste de envío asignado por producto, cashflow y forecast.
- KPI esenciales: margen bruto, coste de adquisición (CAC), ratio devoluciones y rotación de inventario.
Mapeo del plan de cuentas y asientos ejemplo
A continuación se sugiere un mapa práctico de cuentas PGC adaptadas a ecommerce y ejemplos de asientos para los casos más frecuentes.
Cuentas recomendadas (sugeridas)
- 700 Ventas de mercaderías (venta nacional)
- 708 Ingresos por servicios (comisiones propias)
- 477 IVA repercutido
- 472 IVA soportado
- 606 Compras de mercaderías
- 624 Transportes
- 627 Servicios de entidades de crédito (comisiones pasarela)
- 648 Otros servicios externos (marketplace fees)
- 490 Provisiones por devoluciones
- 572 Bancos cuenta corriente
Asientos contables ejemplificados
1) Venta nacional con pasarela:
- Debe 572 bancos: importe neto cobrado (base + IVA - comisión pasarela)
- Debe 627 comisiones pasarela: comisión
- Haber 700 ventas: base imponible
- Haber 477 IVA repercutido: IVA
2) Venta a través de marketplace (marketplace cobra y liquida):
- Debe 572 bancos: importe neto recibido (liquidación marketplace)
- Debe 648 otros servicios externos: comisión marketplace
- Haber 700 ventas: base imponible
- Haber 477 IVA repercutido: IVA
3) Devolución parcial:
- Debe 490 provisiones por devoluciones / devoluciones sobre ventas
- Haber 572 bancos: devolución efectuada (si procede)
- Ajuste IVA: Debe 477 IVA repercutido / Haber 472 IVA soportado según caso
Mejor software contabilidad para tiendas online España
La elección del software depende de volumen de transacciones, necesidades de integraciones (Shopify, WooCommerce, Amazon, eBay), y de si se necesita gestión fiscal avanzada (OSS, intrastat). Las opciones líderes en España en 2026 combinan automatización y conectores nativos.
Se recomienda evaluar integraciones, capacidad de conciliación automática, generación de libros registros y compatibilidad con asesores.
Comparativa rápida: características clave
| Software |
Precio aproximado (2026) |
Integraciones nativas |
Mejor para |
| Holded |
20-80 €/mes |
Shopify, WooCommerce, bancos |
Pymes con ecommerce creciente |
| Sage |
30-120 €/mes |
Conectores mercados |
Empresas con contabilidad avanzada |
| QuickBooks Online |
15-70 €/mes |
Apps de terceros |
Autónomos y tiendas pequeñas |
| ContaSimple |
10-40 €/mes |
Facturación y bancos |
Autónomos y micro-pymes |
| Odoo (contabilidad) |
Desde 0 (self-host) / módulos |
Personalizable |
Empresas que requieren ERP completo |
| GnuCash (open-source) |
Gratis |
Limitado |
Presupuesto muy ajustado |
En la comparativa se debe validar la capacidad real de importar ventas de marketplace y desglosar comisiones.
Integraciones obligatorias a revisar
- Conector con la plataforma ecommerce (Shopify, WooCommerce).
- Importador de liquidaciones de marketplace (Amazon, eBay, Etsy).
- Conciliación bancaria automática y reglas (bancos españoles soportan PSD2).
- Exportación de libros contables para asesor.
Más información técnica y guías oficiales sobre obligaciones contables en España en la AEAT: https://www.agenciatributaria.gob.es y sobre normativa contable en el ICAC: https://www.icac.meh.es.
Comparativa: software contable para ecommerce
SaaS comerciales
- ✓Integración nativa
- ✓Soporte fiscal
- ⚠Coste mensual
Alternativas económicas
- ✓Bajos costes
- ✗Menos integraciones nativas
- ✓Flexible con plugins
Qué hacer cuando vendes internacionalmente con ecommerce
Vender fuera de España cambia reglas contables y fiscales. Es imprescindible un flujo de trabajo que identifique país destino, tipo de cliente (consumidor final B2C o empresa B2B) y régimen aplicable (IVA nacional, OSS, inversión del sujeto pasivo, exportación).
Pasos prácticos para ventas internacionales
- Determinar si la venta es exportación (fuera de la UE) o entrega intracomunitaria (UE).
- Para ventas B2C dentro de la UE, valorar el uso del OSS (One-Stop-Shop). Información oficial: EU OSS.
- Para ventas B2B intracomunitarias, solicitar NIF-IVA del cliente y aplicar inversión del sujeto pasivo cuando corresponda.
- Tener en cuenta el tratamiento contable de variaciones de cambio si hay venta en moneda diferente: reconocer diferencias de cambio y valoración en cuentas de ingresos.
Asiento ejemplo venta internacional B2B (inversión del sujeto pasivo)
- Haber 700 ventas: base
- No repercutir IVA
- Registrar operación en registros de operaciones intracomunitarias y formularios correspondientes.
Guía simple de IVA en marketplace España
La fiscalidad del IVA en marketplaces tiene particularidades: el marketplace puede actuar como responsable del cobro en algunos casos (regímenes de marketplace en la UE) o solo como plataforma. Esta sección presenta una guía simple de IVA en marketplace España con criterios prácticos.
Reglas prácticas clave
- Identificar quién es sujeto pasivo: marketplace o vendedor. Si el marketplace actúa como proveedor, el marketplace repercute y liquida el IVA.
- Para ventas B2C en la UE con el marketplace actuando como plataforma y liquidando IVA, el vendedor debe revisar las liquidaciones facilitadas por el marketplace.
- Registrar siempre las liquidaciones detalladas del marketplace y comprobar: base, IVA, tasa aplicada y comisiones.
La AEAT ha publicado criterios sobre marketplaces y obligaciones de información: Agencia Tributaria.
Alternativas económicas software contable para pymes ecommerce
Para pymes y autónomos con volumen moderado, alternativas económicas permiten mantener control contable sin inversiones altas. Se recomiendan soluciones con API o exportación CSV y bajo coste mensual.
Opciones y criterios de selección
- ContaSimple / Anfix: facturación y contabilidad básica, buen precio para autónomos.
- GnuCash: opción gratuita, requiere mayor esfuerzo manual.
- Odoo (comunidad): coste bajo si se gestiona self-host, pero requiere implementación.
Se debe valorar la relación coste/integración: un software barato pero sin integraciones puede costar más en horas de trabajo.
Checklist: preparar contabilidad ecommerce
-
✓
Configurar plan de cuentas y cuentas para comisiones y devoluciones
-
✓
Automatizar conciliaciones con banco y marketplace
-
✓
Revisar IVA (OSS, intracomunitario, exportaciones)
-
✓
Guardar exportes de liquidaciones y conciliaciones para auditoría
Ejemplo práctico: cómo funciona realmente
📊 Datos del caso:
- Plataforma: Shopify
- Mercado: España y UE (B2C)
- Ventas mensuales: 1.000 pedidos
- Ticket medio: 50 € (incluye IVA)
🧮 Cálculo/Proceso: Se importa la liquidación mensual de Shopify y la de Amazon (marketplace). Se separan: base, IVA, comisiones de marketplace, fees pasarela. Se aplican reglas de conciliación automática: por cada liquidación se genera asiento de ventas, asiento de comisiones y registro de IVA.
✅ Resultado: Contabilidad cerrada con conciliación automática en un 80% de las operaciones; el 20% restante (devoluciones y chargebacks) queda en conciliación manual y se provisiona en 490 Provisiones por devoluciones.
Flujo de trabajo detallado del ejemplo
1) Importar CSV de ventas diario y liquidaciones mensuales.
2) Reglas automáticas en el software: mapear columnas a cuentas (700, 477, 648, 627).
3) Ejecutar conciliación bancaria y marcar diferencias.
4) Generar reporte mensual de IVA para modelo 303 y OSS si procede.
Proceso de registro contable
🟦 Paso 1 → 🟧 Paso 2 → ✅ Éxito
🟦 Paso 1: Configurar plan de cuentas y conectar pasarela
🟧 Paso 2: Automatizar importaciones y conciliaciones
✅ Éxito: Cierre mensual con informes listos para asesor
Ventajas, riesgos y errores comunes
Beneficios / cuándo aplicar ✅
- Automatización reduce errores y tiempo en cierre mensual.
- Integraciones nativas permiten escalar sin contratar personal contable adicional.
- Uso de OSS y correcta imputación del IVA evita sanciones.
Errores que debes evitar / Riesgos ⚠️
- No registrar comisiones del marketplace como gasto.
- No conciliar pagos diferidos o split payments.
- Confundir criterio de caja y devengo para reconocimiento de ingresos.
- No generar registros de operaciones intracomunitarias o informes para OSS.
Preguntas frecuentes
¿Cómo llevar contabilidad ecommerce paso a paso?
La contabilidad ecommerce paso a paso consiste en configurar el PGC con cuentas específicas, importar ventas y liquidaciones, aplicar reglas de conciliación y revisar IVA y provisiones de manera periódica.
¿Cuál es el mejor software contabilidad para tiendas online España?
El mejor software contabilidad para tiendas online España depende de integraciones requeridas; Holded, Sage y QuickBooks destacan por integraciones y soporte fiscal en España.
¿Qué hacer cuando vendes internacionalmente con ecommerce?
Se debe determinar si la operación es exportación o intracomunitaria, aplicar OSS para B2C UE cuando convenga y documentar NIF-IVA de clientes B2B para inversión del sujeto pasivo.
¿Cómo aplicar la guía simple de IVA en marketplace España?
Revisar si el marketplace actúa como sujeto pasivo; en ese caso, utilizar las liquidaciones del marketplace para registrar ventas y IVA repercutido; si no, el vendedor repercute el IVA.
¿Qué alternativas económicas software contable para pymes ecommerce existen?
Opciones como ContaSimple, GnuCash y Odoo (comunidad) ofrecen alternativas de bajo coste, aunque con mayor intervención manual o necesidad de implementación.
¿Cómo se contabilizan las comisiones de marketplace?
Las comisiones se registran como gasto (cuenta 648 u 627) y se deben conciliar con las liquidaciones del marketplace y las anotaciones bancarias.
¿Qué documentación guardar para inspecciones fiscales?
Guardar exportes CSV de plataformas, liquidaciones de marketplaces, extractos bancarios y facturación emitida y recibida durante al menos 6 años según normativa contable y fiscal.
TU PRÓXIMO PASO:
- Revisar y adaptar el plan de cuentas PGC incluyendo cuentas para marketplace, pasarelas y devoluciones.
- Seleccionar e integrar un software con conectores nativos (evaluar mejor software contabilidad para tiendas online España vs alternativas económicas software contable para pymes ecommerce).
- Implementar conciliaciones automáticas y calendarizar revisiones de IVA (modelo 303 y OSS) y cierre mensual.