¿Te preocupa no cumplir con obligaciones fiscales o no saber cómo registrar ventas, comisiones y devoluciones en la contabilidad de la tienda online? ¿No existe claridad sobre el tratamiento del IVA en marketplaces o al vender fuera de España? En esta guía sobre Contabilidad para tiendas online (ecommerce) se presenta un esquema operativo, paso a paso, con ejemplos de asientos, mapeo del Plan General Contable (PGC), software recomendado en España y alternativas económicas para pymes ecommerce. Incluye además una guía simple de IVA en marketplace España y pautas para qué hacer cuando vendes internacionalmente con ecommerce.
Puntos clave: lo que debes saber en 1 minuto
Legalidad y registro : toda venta online debe constar en libros contables y facturación conforme al PGC y normativa de la Agencia Tributaria (AEAT ).Automatizar integraciones : usar conectores entre la plataforma (Shopify, WooCommerce, Amazon) y el software contable reduce errores y facilita conciliaciones.IVA y marketplaces : aplicar correctamente los regímenes (IVA nacional, OSS, bienes importados) evita sanciones.Asientos clave : ventas, comisiones de marketplace, fees de pasarela, devoluciones y envíos deben tener asientos normalizados.Elección de software : elegir entre mejor software contabilidad para tiendas online España o alternativas económicas según volumen y necesidad de integraciones.
Cómo llevar contabilidad ecommerce paso a paso
La contabilidad para tiendas online (ecommerce) requiere un proceso estandarizado. El procedimiento recomendado para empresas y autónomos sigue cinco fases claras: preparación, registro diario, conciliación, cierre mensual y reporting.
Fase 1: preparación y configuración
Registrar la actividad y epígrafe en el censo de la AEAT mediante modelo 036/037.
Configurar el plan de cuentas: adaptar el PGC (Plan General Contable) con cuentas específicas para ventas online, comisiones marketplace, pasarelas y devoluciones.
Establecer políticas internas: criterio de ingresos (criterio de devengo vs caja), tratamiento de transporte y gastos de devolución.
Fase 2: registros diarios básicos
Facturas emitidas: registrar la base imponible, IVA repercutido y retenciones si aplica.
Cobros por pasarela: identificar fees de pasarela (Stripe, PayPal) y registrar comisiones.
Ventas en marketplace: separar ventas propias y ventas por marketplace con cleareance de comisiones y retenciones.
Fase 3: conciliaciones automáticas y manuales
Conciliar extractos bancarios con exportes de la pasarela y plataforma de ecommerce.
Reconciliar órdenes con facturas emitidas y pagos con estados de cuenta de marketplace.
Detectar diferencias por devoluciones, cargos por chargeback o comisiones no contabilizadas.
Fase 4: cierre mensual y ajustes
Ajustar ingresos por ventas pendientes, contabilizar devoluciones y provisiones por devoluciones y garantías.
Revisar IVA repercutido y soportado para declaraciones (modelo 303) y comprobación de IVA intracomunitario / OSS.
Fase 5: reporting y KPIs
Generar informes: margen por SKU, coste de envío asignado por producto, cashflow y forecast.
KPI esenciales: margen bruto, coste de adquisición (CAC), ratio devoluciones y rotación de inventario.
Mapeo del plan de cuentas y asientos ejemplo
A continuación se sugiere un mapa práctico de cuentas PGC adaptadas a ecommerce y ejemplos de asientos para los casos más frecuentes.
Cuentas recomendadas (sugeridas)
700 Ventas de mercaderías (venta nacional)
708 Ingresos por servicios (comisiones propias)
477 IVA repercutido
472 IVA soportado
606 Compras de mercaderías
624 Transportes
627 Servicios de entidades de crédito (comisiones pasarela)
648 Otros servicios externos (marketplace fees)
490 Provisiones por devoluciones
572 Bancos cuenta corriente
Asientos contables ejemplificados
1) Venta nacional con pasarela:
- Debe 572 bancos: importe neto cobrado (base + IVA - comisión pasarela)
- Debe 627 comisiones pasarela: comisión
- Haber 700 ventas: base imponible
- Haber 477 IVA repercutido: IVA
2) Venta a través de marketplace (marketplace cobra y liquida):
- Debe 572 bancos: importe neto recibido (liquidación marketplace)
- Debe 648 otros servicios externos: comisión marketplace
- Haber 700 ventas: base imponible
- Haber 477 IVA repercutido: IVA
3) Devolución parcial:
- Debe 490 provisiones por devoluciones / devoluciones sobre ventas
- Haber 572 bancos: devolución efectuada (si procede)
- Ajuste IVA: Debe 477 IVA repercutido / Haber 472 IVA soportado según caso
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Mejor software contabilidad para tiendas online España
La elección del software depende de volumen de transacciones, necesidades de integraciones (Shopify, WooCommerce, Amazon, eBay), y de si se necesita gestión fiscal avanzada (OSS, intrastat). Las opciones líderes en España en 2026 combinan automatización y conectores nativos.
Se recomienda evaluar integraciones, capacidad de conciliación automática, generación de libros registros y compatibilidad con asesores.
Comparativa rápida: características clave
Software
Precio aproximado (2026)
Integraciones nativas
Mejor para
Holded
20-80 €/mes
Shopify, WooCommerce, bancos
Pymes con ecommerce creciente
Sage
30-120 €/mes
Conectores mercados
Empresas con contabilidad avanzada
QuickBooks Online
15-70 €/mes
Apps de terceros
Autónomos y tiendas pequeñas
ContaSimple
10-40 €/mes
Facturación y bancos
Autónomos y micro-pymes
Odoo (contabilidad)
Desde 0 (self-host) / módulos
Personalizable
Empresas que requieren ERP completo
GnuCash (open-source)
Gratis
Limitado
Presupuesto muy ajustado
En la comparativa se debe validar la capacidad real de importar ventas de marketplace y desglosar comisiones.
Integraciones obligatorias a revisar
Conector con la plataforma ecommerce (Shopify, WooCommerce).
Importador de liquidaciones de marketplace (Amazon, eBay, Etsy).
Conciliación bancaria automática y reglas (bancos españoles soportan PSD2).
Exportación de libros contables para asesor.
Más información técnica y guías oficiales sobre obligaciones contables en España en la AEAT: https://www.agenciatributaria.gob.es y sobre normativa contable en el ICAC: https://www.icac.meh.es .
Comparativa: software contable para ecommerce
SaaS comerciales
✓ Integración nativa ✓ Soporte fiscal ⚠ Coste mensual
Alternativas económicas
✓ Bajos costes ✗ Menos integraciones nativas ✓ Flexible con plugins
Qué hacer cuando vendes internacionalmente con ecommerce
Vender fuera de España cambia reglas contables y fiscales. Es imprescindible un flujo de trabajo que identifique país destino, tipo de cliente (consumidor final B2C o empresa B2B) y régimen aplicable (IVA nacional, OSS, inversión del sujeto pasivo, exportación).
Pasos prácticos para ventas internacionales
Determinar si la venta es exportación (fuera de la UE) o entrega intracomunitaria (UE).
Para ventas B2C dentro de la UE, valorar el uso del OSS (One-Stop-Shop). Información oficial: EU OSS .
Para ventas B2B intracomunitarias, solicitar NIF-IVA del cliente y aplicar inversión del sujeto pasivo cuando corresponda.
Tener en cuenta el tratamiento contable de variaciones de cambio si hay venta en moneda diferente: reconocer diferencias de cambio y valoración en cuentas de ingresos.
Asiento ejemplo venta internacional B2B (inversión del sujeto pasivo)
Haber 700 ventas: base
No repercutir IVA
Registrar operación en registros de operaciones intracomunitarias y formularios correspondientes.
Guía simple de IVA en marketplace España
La fiscalidad del IVA en marketplaces tiene particularidades: el marketplace puede actuar como responsable del cobro en algunos casos (regímenes de marketplace en la UE) o solo como plataforma. Esta sección presenta una guía simple de IVA en marketplace España con criterios prácticos.
Reglas prácticas clave
Identificar quién es sujeto pasivo: marketplace o vendedor. Si el marketplace actúa como proveedor, el marketplace repercute y liquida el IVA.
Para ventas B2C en la UE con el marketplace actuando como plataforma y liquidando IVA, el vendedor debe revisar las liquidaciones facilitadas por el marketplace.
Registrar siempre las liquidaciones detalladas del marketplace y comprobar: base, IVA, tasa aplicada y comisiones.
La AEAT ha publicado criterios sobre marketplaces y obligaciones de información: Agencia Tributaria .
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Alternativas económicas software contable para pymes ecommerce
Para pymes y autónomos con volumen moderado, alternativas económicas permiten mantener control contable sin inversiones altas. Se recomiendan soluciones con API o exportación CSV y bajo coste mensual.
Opciones y criterios de selección
ContaSimple / Anfix : facturación y contabilidad básica, buen precio para autónomos.GnuCash : opción gratuita, requiere mayor esfuerzo manual.Odoo (comunidad) : coste bajo si se gestiona self-host, pero requiere implementación.
Se debe valorar la relación coste/integración: un software barato pero sin integraciones puede costar más en horas de trabajo.
Checklist: preparar contabilidad ecommerce
✓
Configurar plan de cuentas y cuentas para comisiones y devoluciones
✓
Automatizar conciliaciones con banco y marketplace
✓
Revisar IVA (OSS, intracomunitario, exportaciones)
✓
Guardar exportes de liquidaciones y conciliaciones para auditoría
Cómo funciona realmente
📊 Datos del caso:
- Plataforma: Shopify
- Mercado: España y UE (B2C)
- Ventas mensuales: 1.000 pedidos
- Ticket medio: 50 € (incluye IVA)
🧮 Cálculo/Proceso: Se importa la liquidación mensual de Shopify y la de Amazon (marketplace). Se separan: base, IVA, comisiones de marketplace, fees pasarela. Se aplican reglas de conciliación automática: por cada liquidación se genera asiento de ventas, asiento de comisiones y registro de IVA.
✅ Resultado: Contabilidad cerrada con conciliación automática en un 80% de las operaciones; el 20% restante (devoluciones y chargebacks) queda en conciliación manual y se provisiona en 490 Provisiones por devoluciones.
Flujo de trabajo detallado del ejemplo
1) Importar CSV de ventas diario y liquidaciones mensuales.
2) Reglas automáticas en el software: mapear columnas a cuentas (700, 477, 648, 627).
3) Ejecutar conciliación bancaria y marcar diferencias.
4) Generar reporte mensual de IVA para modelo 303 y OSS si procede.
Proceso de registro contable
🟦 Paso 1 → 🟧 Paso 2 → ✅ Éxito
🟦 Paso 1 : Configurar plan de cuentas y conectar pasarela
🟧 Paso 2 : Automatizar importaciones y conciliaciones
✅ Éxito : Cierre mensual con informes listos para asesor
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Ventajas, riesgos y errores comunes
Beneficios / cuándo aplicar ✅
Automatización reduce errores y tiempo en cierre mensual.
Integraciones nativas permiten escalar sin contratar personal contable adicional.
Uso de OSS y correcta imputación del IVA evita sanciones.
Errores que debes evitar / Riesgos ⚠️
No registrar comisiones del marketplace como gasto.
No conciliar pagos diferidos o split payments.
Confundir criterio de caja y devengo para reconocimiento de ingresos.
No generar registros de operaciones intracomunitarias o informes para OSS.
Preguntas frecuentes
¿Cómo llevar contabilidad ecommerce paso a paso?
La contabilidad ecommerce paso a paso consiste en configurar el PGC con cuentas específicas, importar ventas y liquidaciones, aplicar reglas de conciliación y revisar IVA y provisiones de manera periódica.
¿Cuál es el mejor software contabilidad para tiendas online España?
El mejor software contabilidad para tiendas online España depende de integraciones requeridas; Holded, Sage y QuickBooks destacan por integraciones y soporte fiscal en España.
¿Qué hacer cuando vendes internacionalmente con ecommerce?
Se debe determinar si la operación es exportación o intracomunitaria, aplicar OSS para B2C UE cuando convenga y documentar NIF-IVA de clientes B2B para inversión del sujeto pasivo.
¿Cómo aplicar la guía simple de IVA en marketplace España?
Revisar si el marketplace actúa como sujeto pasivo; en ese caso, utilizar las liquidaciones del marketplace para registrar ventas y IVA repercutido; si no, el vendedor repercute el IVA.
¿Qué alternativas económicas software contable para pymes ecommerce existen?
Opciones como ContaSimple, GnuCash y Odoo (comunidad) ofrecen alternativas de bajo coste, aunque con mayor intervención manual o necesidad de implementación.
¿Cómo se contabilizan las comisiones de marketplace?
Las comisiones se registran como gasto (cuenta 648 u 627) y se deben conciliar con las liquidaciones del marketplace y las anotaciones bancarias.
¿Qué documentación guardar para inspecciones fiscales?
Guardar exportes CSV de plataformas, liquidaciones de marketplaces, extractos bancarios y facturación emitida y recibida durante al menos 6 años según normativa contable y fiscal.
TU PRÓXIMO PASO:
Revisar y adaptar el plan de cuentas PGC incluyendo cuentas para marketplace, pasarelas y devoluciones.
Seleccionar e integrar un software con conectores nativos (evaluar mejor software contabilidad para tiendas online España vs alternativas económicas software contable para pymes ecommerce).
Implementar conciliaciones automáticas y calendarizar revisiones de IVA (modelo 303 y OSS) y cierre mensual.
